Каким образом это может произойти? Самый простой способ - это съемные носители информации. Если вы, к примеру, достаточно активно пользуетесь флешкой, то уследить за тем, что на ней находится, становиться с каждым днем сложнее. И очень неприятно будет, когда вы доказывая всем, что под Linux нет вирусов, принесете знакомому какую-нибудь "заразу".

Обезопасить себя можно с помощью антивируса ClamAV. Он есть в стандартных репозиториях, поэтому выбираем Центр приложений Ubuntu (меню "Приложения") и вводим в строку поиска "clamav".
Один из представителей современных ноутбуков - 


В стандартных репозиториях Ubuntu есть специальная программа - KeePassX, которая позволяет хранить пароли в одном файле, со всеми удобствами, в виде группировки и поиска.